在城户沙织以“银河战争”的开幕为开端，觉悟到自己要为将在圣域蔓延的邪恶曝光於天下而战的宿命之后，感觉到纷争气息的邪恶女神“厄里斯”在彗星“雷帕鲁斯（Repulse）”的引导下再次袭击地球，企图为大地带来流血混乱。为了粉碎她的野心，身为雅典娜的侍女的圣斗少女们陆续展开了激斗。